遗传距离的计算

『壹』 怎样估算遗传距离

遗传距离指个体、群体或种之间用DNA序列或等位基因频率来估计的遗传差异大小。衡量遗传距离的指标包括用于数量性状分析的欧式距离（D），可用于质量性状和数量性状的Gower距离（DG）和Roger距离（RD），用于二元数据的改良Roger距离（GDMR）、Nei&Li距离（GDNL）、Jaccard距离（GDJ）和简单匹配距离（GDSM）等：

D=[（x1-y1）2+（x2-y2）2+…（xp-yp）2]1/2，这里x1，x2，…，xp和y1，y2，…，yp分别为两个个体（或基因型、群体）i和j形态学性状p的值。

两个自交系之间的遗传距离Dsmith=∑[（xi（p）-yj（p））2/varx（p）]1/2，这里xi（p）和yj（p）分别为自交系i和j第p个性状的值，varx（p）为第p个数量性状在所有自交系中的方差。

DG=1/p∑wkdijk，这里p为性状数目，dijk为第k个性状对两个个体i和j间总距离的贡献，dijk=｜dik-xjk｜，dik和djk分别为i和j的第k个性状的值，wk=1/Rk，Rk为第k个性状的范围（range）。

当用分子标记作遗传多样性分析时，可用下式：d（i，j）=constant（∑｜Xai-Xaj｜r）1/r，这里Xai为等位基因a在个体i中的频率，n为每个位点等位基因数目，r为常数。当r=2时，则该公式变为Roger距离，即RD=1/2[∑（Xai-Xaj）2]1/2。

当分子标记数据用二元数据表示时，可用下列距离来表示：

GDNL=1-[2N11/(2N11+N10+N01)]

GDJ=1-[N11/(N11+N10+N01)]

GDSM=1-[(N11+N00)/(N11+N10+N01+N00)]

GDMR=[(N10+N01)/2N]0.5

这里N11为两个个体均出现的等位基因的数目，N00为两个个体均未出现的等位基因数目，N10为只在个体i中出现的等位基因数目，N01为只在个体j中出现的等位基因数目，N为总的等位基因数目。谱带在分析时可看成等位基因。

在实际操作过程中，选择合适的遗传距离指标相当重要。一般来说，GDNL和GDJ在处理显性标记和共显性标记时是不同的，用这两个指标分析自交系时排序结果相同，但分析杂交种中的杂合位点和分析杂合基因型出现频率很高的群体时其遗传距离就会产生差异。根据以前的研究结果，建议在分析共显性标记（如RFLP和SSR）时用GDNL，而在分析显性标记（如AFLP和RAPD）时用GDSM或GDJ。GDSM和GDMR，前者可用于巢式聚类分析和分子方差分析（AMOVA），但后者由于有其重要的遗传学和统计学意义而更受青睐。

在衡量群体（居群）的遗传分化时，主要有三种统计学方法：一是χ2测验，适用于等位基因多样性较低时的情形，二是F统计（Wright，1951），三是GST统计（Nei，1973）。在研究中涉及到的材料很多时，还可以用到一些多变量分析技术，如聚类分析和主成分分析等等。

『贰』 种间遗传距离和种间净遗传距离的区别

遗传距离来(genetic distance)
衡量品种间若干性源状综合遗传差异大小的指标.育种目标所要求的性状不止一个,为了能够更全面地反映亲本品种间的遗传差异,需要对多个性状综合考虑,从而引伸出遗传距离的概念.按多元统计分析方法计算品种间多个性状基因型值构成的多维空间的几何距离,就叫作品种间的遗传距离.

『叁』 遗传距离的定义

遗传距离(genetic distance)
衡量品种间若干性状综合遗传差异大小的指标。育种目标所要求的性状不止一个，为了能够更全面地反映亲本品种间的遗传差异，需要对多个性状综合考虑，从而引伸出遗传距离的概念。按多元统计分析方法计算品种间多个性状基因型值构成的多维空间的几何距离，就叫作品种间的遗传距离。
http://www.lynks.org/info/showart.asp?art_id=165

『肆』 如何通过遗传距离计算基因型比例

通常用交来换值/重组率来度量基源因间的相对距离,称为遗传距离.
通常以1%的重组率作为一个遗传距离单位/遗传单位(cM,是cM,不是cm).
这说明该个体AB之间的交换率为2%.该亲本产生的配子类型及比例是：49%AB,1%Ab,1%aB,49%ab.
然后通过计算可以知道后代的9种基因型及其比例.
AABB
AaBB
aaBB
AABb
AaBb
aaBb
AAbb
Aabb
aabb

『伍』 mega7可以用遗传距离作图吗

mega7可以直接计算遗传距离，也可以直接构建进化树。构建进化树时已经集成了遗传距离的计算。

『陆』 求助，MEGA如何计算遗传距离

利用NTSYS软件计算品种间遗传距离： 1．将已赋值好的Excel文件放于桌面，假设命名内为A.xls，保存为Microsoft office 5.0/95工作薄形式容。
Excel文件格式设成软件识别的模式，即A1=1，表示出现等位基因；B1=132，表示等位基因数，C1=189表示品种数；

『柒』 请问怎么求遗传距离，谢谢啦

通常用交换值/重组率来度量基因间的相对距离,称为遗传距离.
通常以专1%的重组率作为一个遗传距离属单位/遗传单位(cM,是cM,不是cm).
这说明该个体AB之间的交换率为2%.该亲本产生的配子类型及比例是：49%AB,1%Ab,1%aB,49%ab.
然后通过计算可以知道后代的9种基因型及其比例.
AABB
AaBB
aaBB
AABb
AaBb
aaBb
AAbb
Aabb
aabb

『捌』 能用ntsys软件计算遗传距离和地理距离的mantel检验吗

利用NTSYS软件计算品种间遗传距离：

1．将已赋值好的Excel文件放于桌面，假设命名为.xls，保存为Microsoft office 5.0/95工作薄形式。Excel文件格式设成软件识别的模式，即A1=1，表示出现等位基因；B1=132，表示等位基因数，C1=189表示品种数；D1=0表示不出现等位基因。从A3开始，在第一列标上所有的SSR引物，从B2开始，第二行标上所有的品种名，由此得到一个数据矩阵。

2．双击NTSYS软件，选择file→edit file，选择A.xls文件，将出现NTedit1.2编辑器，点击file→sale file as选项，将导入的Excel文件转换为软件识别的格式，命名为A-1.NTS文件。

3．点击Ntsyspc2.1界面的“Similarity”，点击“Genetic distance”；在Input data file中输入A-1.NTS；在Output file中输入A-2.NTS，点击Compute；则计算好的遗传距离放在A-2.NTS文件中。

4．点击Ntsyspc2.1界面的output&transf→output→Input file，选择A-2.NTS，即可查看到品种间的遗传距离。

地理距离矩阵 ：
A B C D
==================================================
A 0
B 1061.38 0
C 1502.5 770.26 0
D 1130.1 788.052 474.616 0
==================================================
遗传距离矩阵 ：
pop ID a b c d
==================================================
a 0
b 0.1282 0
c 0.2010 0.0985 0
d 0.1604 0.1058 0.1388 0
==================================================

TFPGA做Mantel检验输入格式 ：
1，2， 0.1282，1061.38
1，3， 0.2010，1502.50
1，4， 0.1604，1130.10
2，3， 0.0985，770.26
2，4， 0.1058，788.052
3，4， 0.1388，474.616
0，0， 0，0
前两列数字为第i列第j列label；
注意j一定小于i ；
后两列为需要比较的两个矩阵的对应元素 ；
Matrix Size就是矩阵的大小 ；
两个矩阵必须大小相同。

『玖』 如何利用powermarker计算nei's遗传距离

Nei是指通过计算遗传距来分析遗传多样性的，即通过计算单倍型多样性指数来内计算群体间的核苷酸序容列歧化距离，是根据种群间不同基因所占的比例算出的遗传多样性，并不是用哪个算出来的，如果想做最后的遗传聚类图，可以用viewtree画出！

『拾』 DNA的遗传距离怎么算有没有什么软件

看你用什么模型来计算，MEGA中有这个功能