遺傳距離的計算

『壹』 怎樣估算遺傳距離

遺傳距離指個體、群體或種之間用DNA序列或等位基因頻率來估計的遺傳差異大小。衡量遺傳距離的指標包括用於數量性狀分析的歐式距離（D），可用於質量性狀和數量性狀的Gower距離（DG）和Roger距離（RD），用於二元數據的改良Roger距離（GDMR）、Nei&Li距離（GDNL）、Jaccard距離（GDJ）和簡單匹配距離（GDSM）等：

D=[（x1-y1）2+（x2-y2）2+…（xp-yp）2]1/2，這里x1，x2，…，xp和y1，y2，…，yp分別為兩個個體（或基因型、群體）i和j形態學性狀p的值。

兩個自交系之間的遺傳距離Dsmith=∑[（xi（p）-yj（p））2/varx（p）]1/2，這里xi（p）和yj（p）分別為自交系i和j第p個性狀的值，varx（p）為第p個數量性狀在所有自交系中的方差。

DG=1/p∑wkdijk，這里p為性狀數目，dijk為第k個性狀對兩個個體i和j間總距離的貢獻，dijk=｜dik-xjk｜，dik和djk分別為i和j的第k個性狀的值，wk=1/Rk，Rk為第k個性狀的范圍（range）。

當用分子標記作遺傳多樣性分析時，可用下式：d（i，j）=constant（∑｜Xai-Xaj｜r）1/r，這里Xai為等位基因a在個體i中的頻率，n為每個位點等位基因數目，r為常數。當r=2時，則該公式變為Roger距離，即RD=1/2[∑（Xai-Xaj）2]1/2。

當分子標記數據用二元數據表示時，可用下列距離來表示：

GDNL=1-[2N11/(2N11+N10+N01)]

GDJ=1-[N11/(N11+N10+N01)]

GDSM=1-[(N11+N00)/(N11+N10+N01+N00)]

GDMR=[(N10+N01)/2N]0.5

這里N11為兩個個體均出現的等位基因的數目，N00為兩個個體均未出現的等位基因數目，N10為只在個體i中出現的等位基因數目，N01為只在個體j中出現的等位基因數目，N為總的等位基因數目。譜帶在分析時可看成等位基因。

在實際操作過程中，選擇合適的遺傳距離指標相當重要。一般來說，GDNL和GDJ在處理顯性標記和共顯性標記時是不同的，用這兩個指標分析自交系時排序結果相同，但分析雜交種中的雜合位點和分析雜合基因型出現頻率很高的群體時其遺傳距離就會產生差異。根據以前的研究結果，建議在分析共顯性標記（如RFLP和SSR）時用GDNL，而在分析顯性標記（如AFLP和RAPD）時用GDSM或GDJ。GDSM和GDMR，前者可用於巢式聚類分析和分子方差分析（AMOVA），但後者由於有其重要的遺傳學和統計學意義而更受青睞。

在衡量群體（居群）的遺傳分化時，主要有三種統計學方法：一是χ2測驗，適用於等位基因多樣性較低時的情形，二是F統計（Wright，1951），三是GST統計（Nei，1973）。在研究中涉及到的材料很多時，還可以用到一些多變數分析技術，如聚類分析和主成分分析等等。

『貳』 種間遺傳距離和種間凈遺傳距離的區別

遺傳距離來(genetic distance)
衡量品種間若乾性源狀綜合遺傳差異大小的指標.育種目標所要求的性狀不止一個,為了能夠更全面地反映親本品種間的遺傳差異,需要對多個性狀綜合考慮,從而引伸出遺傳距離的概念.按多元統計分析方法計算品種間多個性狀基因型值構成的多維空間的幾何距離,就叫作品種間的遺傳距離.

『叄』 遺傳距離的定義

遺傳距離(genetic distance)
衡量品種間若乾性狀綜合遺傳差異大小的指標。育種目標所要求的性狀不止一個，為了能夠更全面地反映親本品種間的遺傳差異，需要對多個性狀綜合考慮，從而引伸出遺傳距離的概念。按多元統計分析方法計算品種間多個性狀基因型值構成的多維空間的幾何距離，就叫作品種間的遺傳距離。
http://www.lynks.org/info/showart.asp?art_id=165

『肆』 如何通過遺傳距離計算基因型比例

通常用交來換值/重組率來度量基源因間的相對距離,稱為遺傳距離.
通常以1%的重組率作為一個遺傳距離單位/遺傳單位(cM,是cM,不是cm).
這說明該個體AB之間的交換率為2%.該親本產生的配子類型及比例是：49%AB,1%Ab,1%aB,49%ab.
然後通過計算可以知道後代的9種基因型及其比例.
AABB
AaBB
aaBB
AABb
AaBb
aaBb
AAbb
Aabb
aabb

『伍』 mega7可以用遺傳距離作圖嗎

mega7可以直接計算遺傳距離，也可以直接構建進化樹。構建進化樹時已經集成了遺傳距離的計算。

『陸』 求助，MEGA如何計算遺傳距離

利用NTSYS軟體計算品種間遺傳距離： 1．將已賦值好的Excel文件放於桌面，假設命名內為A.xls，保存為Microsoft office 5.0/95工作薄形式容。
Excel文件格式設成軟體識別的模式，即A1=1，表示出現等位基因；B1=132，表示等位基因數，C1=189表示品種數；

『柒』 請問怎麼求遺傳距離，謝謝啦

通常用交換值/重組率來度量基因間的相對距離,稱為遺傳距離.
通常以專1%的重組率作為一個遺傳距離屬單位/遺傳單位(cM,是cM,不是cm).
這說明該個體AB之間的交換率為2%.該親本產生的配子類型及比例是：49%AB,1%Ab,1%aB,49%ab.
然後通過計算可以知道後代的9種基因型及其比例.
AABB
AaBB
aaBB
AABb
AaBb
aaBb
AAbb
Aabb
aabb

『捌』 能用ntsys軟體計算遺傳距離和地理距離的mantel檢驗嗎

利用NTSYS軟體計算品種間遺傳距離：

1．將已賦值好的Excel文件放於桌面，假設命名為.xls，保存為Microsoft office 5.0/95工作薄形式。Excel文件格式設成軟體識別的模式，即A1=1，表示出現等位基因；B1=132，表示等位基因數，C1=189表示品種數；D1=0表示不出現等位基因。從A3開始，在第一列標上所有的SSR引物，從B2開始，第二行標上所有的品種名，由此得到一個數據矩陣。

2．雙擊NTSYS軟體，選擇file→edit file，選擇A.xls文件，將出現NTedit1.2編輯器，點擊file→sale file as選項，將導入的Excel文件轉換為軟體識別的格式，命名為A-1.NTS文件。

3．點擊Ntsyspc2.1界面的「Similarity」，點擊「Genetic distance」；在Input data file中輸入A-1.NTS；在Output file中輸入A-2.NTS，點擊Compute；則計算好的遺傳距離放在A-2.NTS文件中。

4．點擊Ntsyspc2.1界面的output&transf→output→Input file，選擇A-2.NTS，即可查看到品種間的遺傳距離。

地理距離矩陣 ：
A B C D
==================================================
A 0
B 1061.38 0
C 1502.5 770.26 0
D 1130.1 788.052 474.616 0
==================================================
遺傳距離矩陣 ：
pop ID a b c d
==================================================
a 0
b 0.1282 0
c 0.2010 0.0985 0
d 0.1604 0.1058 0.1388 0
==================================================

TFPGA做Mantel檢驗輸入格式 ：
1，2， 0.1282，1061.38
1，3， 0.2010，1502.50
1，4， 0.1604，1130.10
2，3， 0.0985，770.26
2，4， 0.1058，788.052
3，4， 0.1388，474.616
0，0， 0，0
前兩列數字為第i列第j列label；
注意j一定小於i ；
後兩列為需要比較的兩個矩陣的對應元素 ；
Matrix Size就是矩陣的大小 ；
兩個矩陣必須大小相同。

『玖』 如何利用powermarker計算nei's遺傳距離

Nei是指通過計算遺傳距來分析遺傳多樣性的，即通過計算單倍型多樣性指數來內計算群體間的核苷酸序容列歧化距離，是根據種群間不同基因所佔的比例算出的遺傳多樣性，並不是用哪個算出來的，如果想做最後的遺傳聚類圖，可以用viewtree畫出！

『拾』 DNA的遺傳距離怎麼算有沒有什麼軟體

看你用什麼模型來計算，MEGA中有這個功能