新遺傳法
Ⅰ 遺傳演算法中,經過交叉變異後,產生新的個體,從而生成新的種群,新個體的父體還在新的種群中嗎
基因交叉重組後不會形成新的種群,因為形成新種群需要產生生殖隔離,而你說的情況不會有生殖隔離的,只可能會產生新的性狀,不算新種群。所以親本和子代還是一個種群,所以父本也在種群中,希望對你有幫助~
Ⅱ 遺傳演算法研究進展
遺傳演算法[56,53]研究的興起是在20世紀80年代末和90年代初期,但它的歷史起源可追溯到20世紀60年代初期。早期的研究大多以對自然遺傳系統的計算機模擬為主。早期遺傳演算法的研究特點是側重於對一些復雜的操作的研究。雖然其中像自動博弈、生物系統模擬、模式識別和函數優化等給人以深刻的印象,但總的來說這是一個無明確目標的發展時期,缺乏帶有指導性的理論和計算工具的開拓。這種現象直到20世紀70年代中期由於Holland和De Jong的創造性研究成果的發表才得到改觀。當然,早期的研究成果對於遺傳演算法的發展仍然有一定的影響,尤其是其中一些有代表性的技術和方法已為當前的遺傳演算法所吸收和發展。
在遺傳演算法作為搜索方法用於人工智慧系統中之前,已有不少生物學家用計算機來模擬自然遺傳系統。尤其是Fraser的模擬研究,他於1962年提出了和現在的遺傳演算法十分相似的概念和思想。但是,Fraser和其他一些學者並未認識到自然遺傳演算法可以轉化為人工遺傳演算法。Holland教授及其學生不久就認識到這一轉化的重要性,Holland認為比起尋找這種或那種具體的求解問題的方法來說,開拓一種能模擬自然選擇遺傳機制的帶有一般性的理論和方法更有意義。在這一時期,Holland不但發現了基於適應度的人工遺傳選擇的基本作用,而且還對群體操作等進行了認真的研究。1965年,他首次提出了人工遺傳操作的重要性,並把這些應用於自然系統和人工系統中。
1967年,Bagley在他的論文中首次提出了遺傳演算法(genetic algorithm)這一術語,並討論了遺傳演算法在自動博弈中的應用。他所提出的包括選擇、交叉和變異的操作已與目前遺傳演算法中的相應操作十分接近。尤其是他對選擇操作做了十分有意義的研究。他認識到,在遺傳進化過程的前期和後期,選擇概率應合適地變動。為此,他引入了適應度定標(scaling)概念,這是目前遺傳演算法中常用的技術。同時,他也首次提出了遺傳演算法自我調整概念,即把交叉和變異的概率融於染色體本身的編碼中,從而可實現演算法自我調整優化。盡管Bagley沒有對此進行計算機模擬實驗,但這些思想對於後來遺傳演算法的發展所起的作用是十分明顯的。
在同一時期,Rosenberg也對遺傳演算法進行了研究,他的研究依然是以模擬生物進化為主,但他在遺傳操作方面提出了不少獨特的設想。1970年Cavicchio把遺傳演算法應用於模式識別中。實際上他並未直接涉及到模式識別,而僅用遺傳演算法設計一組用於識別的檢測器。Cavicchio對於遺傳操作以及遺傳演算法的自我調整也做了不少有特色的研究。
Weinberg於1971年發表了題為《活細胞的計算機模擬》的論文。由於他和Rosenberg一樣注意於生物遺傳的模擬,所以他對遺傳演算法的貢獻有時被忽略。實際上,他提出的多層次或多級遺傳演算法至今仍給人以深刻的印象。
第一個把遺傳演算法用於函數優化的是Hollstien。1971年他在論文《計算機控制系統中的人工遺傳自適應方法》中闡述了遺傳演算法用於數字反饋控制的方法。實際上,他主要是討論了對於二變數函數的優化問題。其中,對於優勢基因控制、交叉和變異以及各種編碼技術進行了深入的研究。
1975年在遺傳演算法研究的歷史上是十分重要的一年。這一年,Holland出版了他的著名專著《自然系統和人工系統的適配》。該書系統地闡述了遺傳演算法的基本理論和方法,並提出了對遺傳演算法的理論研究和發展極為重要的模式理論(schemata theory)。該理論首次確認了結構重組遺傳操作對於獲得隱並行性的重要性。直到這時才知道遺傳操作到底在干什麼,為什麼又幹得那麼出色,這對於以後陸續開發出來的遺傳操作具有不可估量的指導作用。
同年,De Jong完成了他的重要論文《遺傳自適應系統的行為分析》。他在該論文中所做的研究工作可看作是遺傳演算法發展進程中的一個里程碑,這是因為他把Holland的模式理論與他的計算實驗結合起來。盡管De Jong和Hollstien一樣主要側重於函數優化的應用研究,但他將選擇、交叉和變異操作進一步完善和系統化,同時又提出了諸如代溝(generation gap)等新的遺傳操作技術。可以認為,De Jong的研究工作為遺傳演算法及其應用打下了堅實的基礎,他所得出的許多結論迄今仍具有普遍的指導意義。
進入20世紀80年代,遺傳演算法迎來了興盛發展時期,無論是理論研究還是應用研究都成了十分熱門的課題。尤其是遺傳演算法的應用研究顯得格外活躍,不但它的應用領域擴大,而且利用遺傳演算法進行優化和規則學習的能力也顯著提高,同時產業應用方面的研究也在摸索之中。此外一些新的理論和方法在應用研究中亦得到了迅速的發展,這些無疑均給遺傳演算法增添了新的活力。
隨著應用領域的擴展,遺傳演算法的研究出現了幾個引人注目的新動向:一是基於遺傳演算法的機器學習(Genetic Base Machine Learning),這一新的研究課題把遺傳演算法從歷來離散的搜索空間的優化搜索演算法擴展到具有獨特的規則生成功能的嶄新的機器學習演算法。這一新的學習機制對於解決人工智慧中知識獲取和知識優化精煉的瓶頸難題帶來了希望。二是遺傳演算法正日益和神經網路、模糊推理以及混沌理論等其他智能計算方法相互滲透和結合,這對開拓21世紀中新的智能計算技術將具有重要的意義。三是並行處理的遺傳演算法的研究十分活躍。這一研究不僅對遺傳演算法本身的發展,而且對於新一代智能計算機體系結構的研究都是十分重要的。四是遺傳演算法和另一個稱為人工生命的嶄新研究領域正不斷滲透。所謂人工生命即是用計算機模擬自然界豐富多彩的生命現象,其中生物的自適應、進化和免疫等現象是人工生命的重要研究對象,而遺傳演算法在這方面將會發揮一定的作用。五是遺傳演算法和進化規劃(Evolution Programming,EP)以及進化策略(Evolution Strategy,ES)等進化計算理論日益結合。EP和ES幾乎是和遺傳演算法同時獨立發展起來的,同遺傳演算法一樣,它們也是模擬自然界生物進化機制的智能計算方法,既同遺傳演算法具有相同之處,也有各自的特點。
隨著遺傳演算法研究和應用的不斷深入和發展,一系列以遺傳演算法為主題的國際會議十分活躍。從1985年開始,國際遺傳演算法會議,即ICGA(International Conference on Genetic Algorithm)每兩年舉行一次。在歐洲,從1990年開始也每隔一年舉辦一次類似的會議,即 PPSN(Parallel Problem Solving from Nature)會議。除了遺傳演算法外,大部分有關ES和EP的學術論文也出現在PPSN中。另外,以遺傳演算法的理論基礎為中心的學術會議有FOGA(Foundation of Genetic Algorithm)。它也是從1990年開始,隔年召開一次。這些國際學術會議論文集中反映了遺傳演算法近些年來的最新發展和動向。
Ⅲ 遺傳演算法的基本原理是什麼
遺傳演算法的基本原理和方法
一、編碼
編碼:把一個問題的可行解從其解空間轉換到遺傳演算法的搜索空間的轉換方法。
解碼(解碼):遺傳演算法解空間向問題空間的轉換。
二進制編碼的缺點是漢明懸崖(Hamming Cliff),就是在某些相鄰整數的二進制代碼之間有很大的漢明距離,使得遺傳演算法的交叉和突變都難以跨越。
格雷碼(Gray Code):在相鄰整數之間漢明距離都為1。
(較好)有意義的積木塊編碼規則:所定編碼應當易於生成與所求問題相關的短距和低階的積木塊;最小字元集編碼規則,所定編碼應採用最小字元集以使問題得到自然的表示或描述。
二進制編碼比十進制編碼搜索能力強,但不能保持群體穩定性。
動態參數編碼(Dynamic Paremeter Coding):為了得到很高的精度,讓遺傳演算法從很粗糙的精度開始收斂,當遺傳演算法找到一個區域後,就將搜索現在在這個區域,重新編碼,重新啟動,重復這一過程,直到達到要求的精度為止。
編碼方法:
1、 二進制編碼方法
缺點:存在著連續函數離散化時的映射誤差。不能直接反映出所求問題的本身結構特徵,不便於開發針對問題的專門知識的遺傳運算運算元,很難滿足積木塊編碼原則
2、 格雷碼編碼:連續的兩個整數所對應的編碼之間僅僅只有一個碼位是不同的,其餘碼位都相同。
3、 浮點數編碼方法:個體的每個基因值用某一范圍內的某個浮點數來表示,個體的編碼長度等於其決策變數的位數。
4、 各參數級聯編碼:對含有多個變數的個體進行編碼的方法。通常將各個參數分別以某種編碼方法進行編碼,然後再將他們的編碼按照一定順序連接在一起就組成了表示全部參數的個體編碼。
5、 多參數交叉編碼:將各個參數中起主要作用的碼位集中在一起,這樣它們就不易於被遺傳運算元破壞掉。
評估編碼的三個規范:完備性、健全性、非冗餘性。
二、選擇
遺傳演算法中的選擇操作就是用來確定如何從父代群體中按某種方法選取那些個體遺傳到下一代群體中的一種遺傳運算,用來確定重組或交叉個體,以及被選個體將產生多少個子代個體。
常用的選擇運算元:
1、 輪盤賭選擇(Roulette Wheel Selection):是一種回放式隨機采樣方法。每個個體進入下一代的概率等於它的適應度值與整個種群中個體適應度值和的比例。選擇誤差較大。
2、 隨機競爭選擇(Stochastic Tournament):每次按輪盤賭選擇一對個體,然後讓這兩個個體進行競爭,適應度高的被選中,如此反復,直到選滿為止。
3、 最佳保留選擇:首先按輪盤賭選擇方法執行遺傳演算法的選擇操作,然後將當前群體中適應度最高的個體結構完整地復制到下一代群體中。
4、 無回放隨機選擇(也叫期望值選擇Excepted Value Selection):根據每個個體在下一代群體中的生存期望來進行隨機選擇運算。方法如下
(1) 計算群體中每個個體在下一代群體中的生存期望數目N。
(2) 若某一個體被選中參與交叉運算,則它在下一代中的生存期望數目減去0.5,若某一個體未被選中參與交叉運算,則它在下一代中的生存期望數目減去1.0。
(3) 隨著選擇過程的進行,若某一個體的生存期望數目小於0時,則該個體就不再有機會被選中。
5、 確定式選擇:按照一種確定的方式來進行選擇操作。具體操作過程如下:
(1) 計算群體中各個個體在下一代群體中的期望生存數目N。
(2) 用N的整數部分確定各個對應個體在下一代群體中的生存數目。
(3) 用N的小數部分對個體進行降序排列,順序取前M個個體加入到下一代群體中。至此可完全確定出下一代群體中M個個體。
6、無回放余數隨機選擇:可確保適應度比平均適應度大的一些個體能夠被遺傳到下一代群體中,因而選擇誤差比較小。
7、均勻排序:對群體中的所有個體按期適應度大小進行排序,基於這個排序來分配各個個體被選中的概率。
8、最佳保存策略:當前群體中適應度最高的個體不參與交叉運算和變異運算,而是用它來代替掉本代群體中經過交叉、變異等操作後所產生的適應度最低的個體。
9、隨機聯賽選擇:每次選取幾個個體中適應度最高的一個個體遺傳到下一代群體中。
10、排擠選擇:新生成的子代將代替或排擠相似的舊父代個體,提高群體的多樣性。
三、交叉
遺傳演算法的交叉操作,是指對兩個相互配對的染色體按某種方式相互交換其部分基因,從而形成兩個新的個體。
適用於二進制編碼個體或浮點數編碼個體的交叉運算元:
1、單點交叉(One-pointCrossover):指在個體編碼串中只隨機設置一個交叉點,然後再該點相互交換兩個配對個體的部分染色體。
2、兩點交叉與多點交叉:
(1) 兩點交叉(Two-pointCrossover):在個體編碼串中隨機設置了兩個交叉點,然後再進行部分基因交換。
(2) 多點交叉(Multi-pointCrossover)
3、均勻交叉(也稱一致交叉,UniformCrossover):兩個配對個體的每個基因座上的基因都以相同的交叉概率進行交換,從而形成兩個新個體。
4、算術交叉(ArithmeticCrossover):由兩個個體的線性組合而產生出兩個新的個體。該操作對象一般是由浮點數編碼表示的個體。
四、變異
遺傳演算法中的變異運算,是指將個體染色體編碼串中的某些基因座上的基因值用該基因座上的其它等位基因來替換,從而形成以給新的個體。
以下變異運算元適用於二進制編碼和浮點數編碼的個體:
1、基本位變異(SimpleMutation):對個體編碼串中以變異概率、隨機指定的某一位或某幾位僅因座上的值做變異運算。
2、均勻變異(UniformMutation):分別用符合某一范圍內均勻分布的隨機數,以某一較小的概率來替換個體編碼串中各個基因座上的原有基因值。(特別適用於在演算法的初級運行階段)
3、邊界變異(BoundaryMutation):隨機的取基因座上的兩個對應邊界基因值之一去替代原有基因值。特別適用於最優點位於或接近於可行解的邊界時的一類問題。
4、非均勻變異:對原有的基因值做一隨機擾動,以擾動後的結果作為變異後的新基因值。對每個基因座都以相同的概率進行變異運算之後,相當於整個解向量在解空間中作了一次輕微的變動。
5、高斯近似變異:進行變異操作時用符號均值為P的平均值,方差為P2的正態分布的一個隨機數來替換原有的基因值。
Ⅳ 簡述人類遺傳及其遺傳方式
內容摘要
本書簡明而系統地介紹了人類遺傳學的基本概念、基礎理論和最新研究進展。內容包括人體遺傳的生物學基礎、人體性狀和行為的遺傳、人類遺傳疾病及其防治、環境因素對人類遺傳物質的影響等。
全文目錄
目錄
一 什麼是遺傳學
第一節 人類遺傳學研究的內容
第一章 緒論
二 人類遺傳學及其研究內容
第二節 人類遺傳學研究的方法
第三節 人類遺傳學的發展簡史
一 古人對人類遺傳現象的認識
二 近代人類遺傳學的誕生
三 20世紀人類遺傳學的發展
第四節 學習人類遺傳學的意義
一 為健康而學
二 為了將來而學
第二章 人類遺傳的生物學基礎
第一節 人類遺傳的細胞學基礎
二 細胞的分裂
一 細胞——生命活動的基本單位
第二節 染色體
一 染色體的形態和結構
二 核型
三 帶型
第三節 遺傳的胚胎學基礎
一 精子的形成
二 卵子的發生
三 受精
四 胚胎發育
第四節 遺傳的分子基礎
一 DNA的分子組成與模型
二 DNA的復制
三 從DNA到蛋白質
第五節 人類遺傳物質的改變
一 基因突變
二 染色體畸變
第六節 人類遺傳研究的基本方法
二 雙生子法
一 系譜法
第三章 人類性狀和行為的遺傳
第一節 性別的遺傳
一 性別決定的遺傳機制
二 性別異常
第二節 體表性狀的遺傳
二 體型的遺傳
一 身高的遺傳
三 膚色的遺傳
四 毛發的遺傳
五 眼睛的遺傳
六 耳的遺傳
七 鼻的遺傳
八 舌的遺傳
九 手的遺傳
十 皮紋的遺傳
第三節 血型的遺傳
一 ABO血型
二 Rh血型
三 MN血型
第四節 行為、智力和壽命的遺傳
一 行為的遺傳
二 智力的遺傳
三 壽命的遺傳
第五節 運動能力的遺傳
一 運動能力的遺傳
二 應用遺傳學理論進行運動員選材
第四章 人類遺傳疾病及其防治
第一節 人類遺傳病的概念與特點
第二節 遺傳病的類別及其遺傳方式
一 常染色體單基因遺傳病
二 性連鎖遺傳
三 多基因遺傳病
四 染色體遺傳病
第三節 人類遺傳病的預防
一 實行婚前檢查,檢出攜帶者
二 避免近親結婚
三 注意孕期保健、實施產前診斷
第五章 環境因素對人類遺傳物質的影響
第一節 遺傳毒理學研究的內容和意義
第二節 環境中的誘變因素及其遺傳毒理效應
一 環境致突變劑及其作用
二 環境致癌因子及其作用
三 飲食中的抗癌劑、抗突變劑
四 環境致畸因素及其作用
第三節 輻射對人類的遺傳毒性
一 環境電離輻射的來源與水平
二 輻射對人類遺傳物質的損傷效應
三 輻射損傷的測定
第四節 環境誘變劑的檢測方法及其基本原理
一 檢測污染物誘發基因突變的試驗
二 檢測污染物誘發染色體損傷的細胞遺傳學試驗
三 檢測污染物誘發細胞惡性轉化的試驗
四 環境毒物致畸胎性實驗
第六章 優生與生殖工程
第一節 優生學概述
第二節 優生學的基本內容
二 演進性優生學(積極優生學)
一 預防性優生學(消極優生學)
三 優生學的分支
第三節 優生的措施
一 生殖工程
二 揭開克隆之謎
第七章 人類基因組
第一節 基因組的結構
二 結構基因
一 核與線粒體基因組的結構概貌
三 多基因家族、假基因和基因簇
四 調節基因和調控序列
五 基因間序列
第二節 人類基因組的分子標記
六 線粒體基因組
一 限制性片段長度多態性(〓)
二 以多聚酶鏈式反應(PCR)為基礎的分子標記
第三節 人類基因組計劃和後基因組計劃
一 研究背景與目標
二 人類基因組計劃的研究方法和步驟
三 後基因組計劃
四 人類基因組計劃和後基因組計劃的意義
第八章 人類遺傳學研究和應用的新領域
第一節 遺傳與癌症
一 什麼是癌症
二 腫瘤發生的遺傳機制
三 腫瘤的分子遺傳學
四 腫瘤防治的遺傳學對策與前景
第二節 遺傳與免疫
一 人體的免疫
二 抗原的遺傳
三 抗體的遺傳
四 免疫應答的遺傳控制
五 免疫遺傳病
第三節 基因診斷和基因治療
一 基因診斷
二 基因治療
第四節 基因晶元
一 什麼是基因晶元
二 基因晶元的原理
三 樣品制備、雜交和檢測
四 基因晶元應用
五 存在問題及發展前景
第五節 遺傳與法醫學
一 遺傳學在法醫學中應用的原理
二 遺傳學在法醫學中應用的實例
第六節 遺傳與制葯
一 基因工程制葯
二 基因組葯物
三 基因葯物
主要參考文獻
索引
Q987 相關圖書
人類遺傳學導論,趙剛,高等教育出版社,7-04-008617-4,Q987
破譯人類基因之謎,周德,西安出版社,7-80594-674-4,Q987
優生,李方,安徽人民出版社,7-5372-2589-3,Q987
解讀天書——人類基因組距我們的生活有多遠?, ,企業管理出版社,7-80147-393-0,Q987
你還是你嗎?——人類基因組報告, ,新華出版社,7-5011-4931-3,Q987.00
生命的密碼——解讀人類生命基因工程的秘密, ,中醫古籍出版社,7-980031-78-4,Q987-49
人類DNA遺傳標記,李生斌,人民衛生出版社,7-117-03702-4,Q987
人類基因組研究基本技術, ,人民軍醫出版社,7-80157-424-9,Q987
人類演化的未來,Wills,社會科學文獻出版社,7-80149-829-1,Q987
Ⅳ 遺傳演算法的優缺點
優點:
1、遺傳演算法是以決策變數的編碼作為運算對象,可以直接對集合、序列、矩陣、樹、圖等結構對象進行操作。這樣的方式一方面有助於模擬生物的基因、染色體和遺傳進化的過程,方便遺傳操作運算元的運用。
另一方面也使得遺傳演算法具有廣泛的應用領域,如函數優化、生產調度、自動控制、圖像處理、機器學習、數據挖掘等領域。
2、遺傳演算法直接以目標函數值作為搜索信息。它僅僅使用適應度函數值來度量個體的優良程度,不涉及目標函數值求導求微分的過程。因為在現實中很多目標函數是很難求導的,甚至是不存在導數的,所以這一點也使得遺傳演算法顯示出高度的優越性。
3、遺傳演算法具有群體搜索的特性。它的搜索過程是從一個具有多個個體的初始群體P(0)開始的,一方面可以有效地避免搜索一些不必搜索的點。
另一方面由於傳統的單點搜索方法在對多峰分布的搜索空間進行搜索時很容易陷入局部某個單峰的極值點,而遺傳演算法的群體搜索特性卻可以避免這樣的問題,因而可以體現出遺傳演算法的並行化和較好的全局搜索性。
4、遺傳演算法基於概率規則,而不是確定性規則。這使得搜索更為靈活,參數對其搜索效果的影響也盡可能的小。
5、遺傳演算法具有可擴展性,易於與其他技術混合使用。以上幾點便是遺傳演算法作為優化演算法所具備的優點。
缺點:
1、遺傳演算法在進行編碼時容易出現不規范不準確的問題。
2、由於單一的遺傳演算法編碼不能全面將優化問題的約束表示出來,因此需要考慮對不可行解採用閾值,進而增加了工作量和求解時間。
3、遺傳演算法效率通常低於其他傳統的優化方法。
4、遺傳演算法容易出現過早收斂的問題。
(5)新遺傳法擴展閱讀
遺傳演算法的機理相對復雜,在Matlab中已經由封裝好的工具箱命令,通過調用就能夠十分方便的使用遺傳演算法。
函數ga:[x, fval,reason]= ga(@fitnessfun, nvars, options)x是最優解,fval是最優值,@fitnessness是目標函數,nvars是自變數個數,options是其他屬性設置。系統默認求最小值,所以在求最大值時應在寫函數文檔時加負號。
為了設置options,需要用到下面這個函數:options=gaoptimset('PropertyName1', 'PropertyValue1', 'PropertyName2', 'PropertyValue2','PropertyName3', 'PropertyValue3', ...)通過這個函數就能夠實現對部分遺傳演算法的參數的設置。
Ⅵ 請問什麼是遺傳演算法,並給兩個例子
遺傳演算法(Genetic Algorithm, GA)是近幾年發展起來的一種嶄新的全局優化演算法,它借
用了生物遺傳學的觀點,通過自然選擇、遺傳、變異等作用機制,實現各個個體的適應性
的提高。這一點體現了自然界中"物競天擇、適者生存"進化過程。1962年Holland教授首次
提出了GA演算法的思想,從而吸引了大批的研究者,迅速推廣到優化、搜索、機器學習等方
面,並奠定了堅實的理論基礎。 用遺傳演算法解決問題時,首先要對待解決問題的模型結構
和參數進行編碼,一般用字元串表示,這個過程就將問題符號化、離散化了。也有在連續
空間定義的GA(Genetic Algorithm in Continuous Space, GACS),暫不討論。
一個串列運算的遺傳演算法(Seguential Genetic Algoritm, SGA)按如下過程進行:
(1) 對待解決問題進行編碼;
(2) 隨機初始化群體X(0):=(x1, x2, … xn);
(3) 對當前群體X(t)中每個個體xi計算其適應度F(xi),適應度表示了該個體的性能好
壞;
(4) 應用選擇運算元產生中間代Xr(t);
(5) 對Xr(t)應用其它的運算元,產生新一代群體X(t+1),這些運算元的目的在於擴展有限
個體的覆蓋面,體現全局搜索的思想;
(6) t:=t+1;如果不滿足終止條件繼續(3)。
GA中最常用的運算元有如下幾種:
(1) 選擇運算元(selection/reproction): 選擇運算元從群體中按某一概率成對選擇個
體,某個體xi被選擇的概率Pi與其適應度值成正比。最通常的實現方法是輪盤賭(roulett
e wheel)模型。
(2) 交叉運算元(Crossover): 交叉運算元將被選中的兩個個體的基因鏈按概率pc進行交叉
,生成兩個新的個體,交叉位置是隨機的。其中Pc是一個系統參數。
(3) 變異運算元(Mutation): 變異運算元將新個體的基因鏈的各位按概率pm進行變異,對
二值基因鏈(0,1編碼)來說即是取反。
上述各種運算元的實現是多種多樣的,而且許多新的運算元正在不斷地提出,以改進GA的
某些性能。系統參數(個體數n,基因鏈長度l,交叉概率Pc,變異概率Pm等)對演算法的收斂速度
及結果有很大的影響,應視具體問題選取不同的值。
GA的程序設計應考慮到通用性,而且要有較強的適應新的運算元的能力。OOP中的類的繼
承為我們提供了這一可能。
定義兩個基本結構:基因(ALLELE)和個體(INDIVIDUAL),以個體的集合作為群體類TP
opulation的數據成員,而TSGA類則由群體派生出來,定義GA的基本操作。對任一個應用實
例,可以在TSGA類上派生,並定義新的操作。
TPopulation類包含兩個重要過程:
FillFitness: 評價函數,對每個個體進行解碼(decode)並計算出其適應度值,具體操
作在用戶類中實現。
Statistic: 對當前群體進行統計,如求總適應度sumfitness、平均適應度average、最好
個體fmax、最壞個體fmin等。
TSGA類在TPopulation類的基礎上派生,以GA的系統參數為構造函數的參數,它有4個
重要的成員函數:
Select: 選擇運算元,基本的選擇策略採用輪盤賭模型(如圖2)。輪盤經任意旋轉停止
後指針所指向區域被選中,所以fi值大的被選中的概率就大。
Crossover: 交叉運算元,以概率Pc在兩基因鏈上的隨機位置交換子串。
Mutation: 變異運算元,以概率Pm對基因鏈上每一個基因進行隨機干擾(取反)。
Generate: 產生下代,包括了評價、統計、選擇、交叉、變異等全部過程,每運行一
次,產生新的一代。
SGA的結構及類定義如下(用C++編寫):
[code] typedef char ALLELE; // 基因類型
typedef struct{
ALLELE *chrom;
float fitness; // fitness of Chromosome
}INDIVIDUAL; // 個體定義
class TPopulation{ // 群體類定義
public:
int size; // Size of population: n
int lchrom; // Length of chromosome: l
float sumfitness, average;
INDIVIDUAL *fmin, *fmax;
INDIVIDUAL *pop;
TPopulation(int popsize, int strlength);
~TPopulation();
inline INDIVIDUAL &Indivial(int i){ return pop[i];};
void FillFitness(); // 評價函數
virtual void Statistics(); // 統計函數
};
class TSGA : public TPopulation{ // TSGA類派生於群體類
public:
float pcross; // Probability of Crossover
float pmutation; // Probability of Mutation
int gen; // Counter of generation
TSGA(int size, int strlength, float pm=0.03, float pc=0.6):
TPopulation(size, strlength)
{gen=0; pcross=pc; pmutation=pm; } ;
virtual INDIVIDUAL& Select();
virtual void Crossover(INDIVIDUAL &parent1, INDIVIDUAL &parent2,
INDIVIDUAL &child1, INDIVIDUAL &child2);
&child1, INDIVIDUAL &child2);
virtual ALLELE Mutation(ALLELE alleleval);
virtual void Generate(); // 產生新的一代
};
用戶GA類定義如下:
class TSGAfit : public TSGA{
public:
TSGAfit(int size,float pm=0.0333,float pc=0.6)
:TSGA(size,24,pm,pc){};
void print();
}; [/code]
由於GA是一個概率過程,所以每次迭代的情況是不一樣的;系統參數不同,迭代情況
也不同。在實驗中參數一般選取如下:個體數n=50-200,變異概率Pm=0.03, 交叉概率Pc=
0.6。變異概率太大,會導致不穩定。
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Ⅶ 遺傳演算法的基本原理
遺傳演算法通常的實現方式,就是用程序來模擬生物種群進化的過程。對於一個求專最優解的問題,我屬們可以把一定數量的候選解(稱為個體)抽象地表示為染色體,使種群向更好的解來進化。大家知道,使用演算法解決問題的時候,解通常都是用數據或者字元串等表示的,而這個數據或字元串對應到生物中就是某個個體的「染色體」。進化從完全隨機個體的種群開始,之後一代一代發生。在每一代中評價其在整個種群的適應度,從當前種群中隨機地選擇多個個體(基於它們的適應度),通過自然選擇和突變產生新的種群,該種群在演算法的下一次迭代中成為當前種群。其具體的計算步驟如下:
編碼:將問題空間轉換為遺傳空間;
生成初始種群:隨機生成P個染色體;
種群適應度計算:按照確定的適應度函數,計算各個染色體的適應度;
選擇:根據染色體適應度,按照選擇運算元進行染色體的選擇;
交叉:按照交叉概率對被選擇的染色體進行交叉操作,形成下一代種群;
突變:按照突變概率對下一代種群中的個體進行突變操作;
返回第3步繼續迭代,直到滿足終止條件。
Ⅷ 遺傳演算法怎麼回事
遺傳演算法(Genetic Algorithm)是一類借鑒生物界的進化規律(適者生存,優勝劣汰遺傳機制)演化而來的隨機化搜索方法。它是由美國的J.Holland教授1975年首先提出,其主要特點是直接對結構對象進行操作,不存在求導和函數連續性的限定;具有內在的隱並行性和更好的全局尋優能力;採用概率化的尋優方法,能自動獲取和指導優化的搜索空間,自適應地調整搜索方向,不需要確定的規則。遺傳演算法的這些性質,已被人們廣泛地應用於組合優化、機器學習、信號處理、自適應控制和人工生命等領域。它是現代有關智能計算中的關鍵技術。對於一個求函數最大值的優化問題(求函數最小值也類同),一般可以描述為下列數學規劃模型: 遺傳演算法式中為決策變數,為目標函數式,式2-2、2-3為約束條件,U是基本空間,R是U的子集。滿足約束條件的解X稱為可行解,集合R表示所有滿足約束條件的解所組成的集合,稱為可行解集合。遺傳演算法的基本運算過程如下:a)初始化:設置進化代數計數器t=0,設置最大進化代數T,隨機生成M個個體作為初始群體P(0)。b)個體評價:計算群體P(t)中各個個體的適應度。c)選擇運算:將選擇運算元作用於群體。選擇的目的是把優化的個體直接遺傳到下一代或通過配對交叉產生新的個體再遺傳到下一代。選擇操作是建立在群體中個體的適應度評估基礎上的。d)交叉運算;將交叉運算元作用於群體。所謂交叉是指把兩個父代個體的部分結構加以替換重組而生成新個體的操作。遺傳演算法中起核心作用的就是交叉運算元。e)變異運算:將變異運算元作用於群體。即是對群體中的個體串的某些基因座上的基因值作變動。群體P(t)經過選擇、交叉、變異運算之後得到下一代群體P(t 1)。f)終止條件判斷:若tT,則以進化過程中所得到的具有最大適應度個體作為最優解輸出,終止計算
Ⅸ 遺傳步驟 是怎樣的
(1)對所詢問的疾病作出正確診斷,以確定是否為遺傳病。遺傳病的確定方法以家系調查專和系譜分析屬為主,並結合臨床特徵,再藉助於染色體、性染色體分析和生化分析等檢查結果,共同作出正確診斷。
如確定為遺傳病,還須進一步分析致病基因是新突變產生還是由雙親遺傳下來的,這對預測危險率有重要意義。 (2)確定該遺傳病的遺傳方式。從遺傳方式看,人類遺傳病大致可分單基因遺傳病、多基因遺傳病和染色體病三大類(見遺傳病)。
(3)推算疾病復發風險率。按風險程度,可將人類遺傳病分為三類:一類屬一般風險率,指主要是由環境因素引起的疾病。第二類屬輕度風險率,指多基因遺傳病,它是由遺傳因素和環境因素共同作用引起的。 第三類屬高風險率,所有單基因遺傳病和雙親之一為染色體平衡易位攜帶者,其復發風險較大。
(4)向患者或家屬提出對策和建議,如停止生育、終止妊娠或進行產前診斷後再決定終止妊娠或進行治療等。
Ⅹ 關於遺傳演算法
遺傳演算法(Genetic Algorithm)是模擬達爾文生物進化論的自然選擇和遺傳學機理的生物進化過程的計算模型,是一種通過模擬自然進化過程搜索最優解的方法,它最初由美國Michigan大學J.Holland教授於1975年首先提出來的,並出版了頗有影響的專著《Adaptation in Natural and Artificial Systems》,GA這個名稱才逐漸為人所知,J.Holland教授所提出的GA通常為簡單遺傳演算法(SGA)。
遺傳演算法定義
遺傳演算法是從代表問題可能潛在的解集的一個種群(population)開始的,而一個種群則由經過基因(gene)編碼的一定數目的個體(indivial)組成。每個個體實際上是染色體(chromosome)帶有特徵的實體。染色體作為遺傳物質的主要載體,即多個基因的集合,其內部表現(即基因型)是某種基因組合,它決定了個體的形狀的外部表現,如黑頭發的特徵是由染色體中控制這一特徵的某種基因組合決定的。因此,在一開始需要實現從表現型到基因型的映射即編碼工作。由於仿照基因編碼的工作很復雜,我們往往進行簡化,如二進制編碼,初代種群產生之後,按照適者生存和優勝劣汰的原理,逐代(generation)演化產生出越來越好的近似解,在每一代,根據問題域中個體的適應度(fitness)大小選擇(selection)個體,並藉助於自然遺傳學的遺傳運算元(genetic operators)進行組合交叉(crossover)和變異(mutation),產生出代表新的解集的種群。這個過程將導致種群像自然進化一樣的後生代種群比前代更加適應於環境,末代種群中的最優個體經過解碼(decoding),可以作為問題近似最優解。
[編輯本段]遺傳演算法特點
遺傳演算法是解決搜索問題的一種通用演算法,對於各種通用問題都可以使用。搜索演算法的共同特徵為:
① 首先組成一組候選解;
② 依據某些適應性條件測算這些候選解的適應度;
③ 根據適應度保留某些候選解,放棄其他候選解;
④ 對保留的候選解進行某些操作,生成新的候選解。
在遺傳演算法中,上述幾個特徵以一種特殊的方式組合在一起:基於染色體群的並行搜索,帶有猜測性質的選擇操作、交換操作和突變操作。這種特殊的組合方式將遺傳演算法與其它搜索演算法區別開來。
遺傳演算法還具有以下幾方面的特點:
(1)遺傳演算法從問題解的串集開始嫂索,而不是從單個解開始。這是遺傳演算法與傳統優化演算法的極大區別。傳統優化演算法是從單個初始值迭代求最優解的;容易誤入局部最優解。遺傳演算法從串集開始搜索,覆蓋面大,利於全局擇優。
(2)許多傳統搜索演算法都是單點搜索演算法,容易陷入局部的最優解。遺傳演算法同時處理群體中的多個個體,即對搜索空間中的多個解進行評估,減少了陷入局部最優解的風險,同時演算法本身易於實現並行化。
(3)遺傳演算法基本上不用搜索空間的知識或其它輔助信息,而僅用適應度函數值來評估個體,在此基礎上進行遺傳操作。適應度函數不僅不受連續可微的約束,而且其定義域可以任意設定。這一特點使得遺傳演算法的應用范圍大大擴展。
(4)遺傳演算法不是採用確定性規則,而是採用概率的變遷規則來指導他的搜索方向。
(5)具有自組織、自適應和自學習性。遺傳演算法利用進化過程獲得的信息自行組織搜索時,硬度大的個體具有較高的生存概率,並獲得更適應環境的基因結構。
[編輯本段]遺傳演算法的應用
由於遺傳演算法的整體搜索策略和優化搜索方法在計算是不依賴於梯度信息或其它輔助知識,而只需要影響搜索方向的目標函數和相應的適應度函數,所以遺傳演算法提供了一種求解復雜系統問題的通用框架,它不依賴於問題的具體領域,對問題的種類有很強的魯棒性,所以廣泛應用於許多科學,下面我們將介紹遺傳演算法的一些主要應用領域:
1、 函數優化。
函數優化是遺傳演算法的經典應用領域,也是遺傳演算法進行性能評價的常用算例,許多人構造出了各種各樣復雜形式的測試函數:連續函數和離散函數、凸函數和凹函數、低維函數和高維函數、單峰函數和多峰函數等。對於一些非線性、多模型、多目標的函數優化問題,用其它優化方法較難求解,而遺傳演算法可以方便的得到較好的結果。
2、 組合優化
隨著問題規模的增大,組合優化問題的搜索空間也急劇增大,有時在目前的計算上用枚舉法很難求出最優解。對這類復雜的問題,人們已經意識到應把主要精力放在尋求滿意解上,而遺傳演算法是尋求這種滿意解的最佳工具之一。實踐證明,遺傳演算法對於組合優化中的NP問題非常有效。例如遺傳演算法已經在求解旅行商問題、 背包問題、裝箱問題、圖形劃分問題等方面得到成功的應用。
此外,GA也在生產調度問題、自動控制、機器人學、圖象處理、人工生命、遺傳編碼和機器學習等方面獲得了廣泛的運用。
[編輯本段]遺傳演算法的現狀
進入90年代,遺傳演算法迎來了興盛發展時期,無論是理論研究還是應用研究都成了十分熱門的課題。尤其是遺傳演算法的應用研究顯得格外活躍,不但它的應用領域擴大,而且利用遺傳演算法進行優化和規則學習的能力也顯著提高,同時產業應用方面的研究也在摸索之中。此外一些新的理論和方法在應用研究中亦得到了迅速的發展,這些無疑均給遺傳演算法增添了新的活力。遺傳演算法的應用研究已從初期的組合優化求解擴展到了許多更新、更工程化的應用方面。
隨著應用領域的擴展,遺傳演算法的研究出現了幾個引人注目的新動向:一是基於遺傳演算法的機器學習,這一新的研究課題把遺傳演算法從歷來離散的搜索空間的優化搜索演算法擴展到具有獨特的規則生成功能的嶄新的機器學習演算法。這一新的學習機制對於解決人工智慧中知識獲取和知識優化精煉的瓶頸難題帶來了希望。二是遺傳演算法正日益和神經網路、模糊推理以及混沌理論等其它智能計算方法相互滲透和結合,這對開拓21世紀中新的智能計算技術將具有重要的意義。三是並行處理的遺傳演算法的研究十分活躍。這一研究不僅對遺傳演算法本身的發展,而且對於新一代智能計算機體系結構的研究都是十分重要的。四是遺傳演算法和另一個稱為人工生命的嶄新研究領域正不斷滲透。所謂人工生命即是用計算機模擬自然界豐富多彩的生命現象,其中生物的自適應、進化和免疫等現象是人工生命的重要研究對象,而遺傳演算法在這方面將會發揮一定的作用,五是遺傳演算法和進化規劃(Evolution Programming,EP)以及進化策略(Evolution Strategy,ES)等進化計算理論日益結合。EP和ES幾乎是和遺傳演算法同時獨立發展起來的,同遺傳演算法一樣,它們也是模擬自然界生物進化機制的智能計算方法,即同遺傳演算法具有相同之處,也有各自的特點。目前,這三者之間的比較研究和彼此結合的探討正形成熱點。
1991年D.Whitey在他的論文中提出了基於領域交叉的交叉運算元(Adjacency based crossover),這個運算元是特別針對用序號表示基因的個體的交叉,並將其應用到了TSP問題中,通過實驗對其進行了驗證。
D.H.Ackley等提出了隨即迭代遺傳爬山法(Stochastic Iterated Genetic Hill-climbing,SIGH)採用了一種復雜的概率選舉機制,此機制中由m個「投票者」來共同決定新個體的值(m表示群體的大小)。實驗結果表明,SIGH與單點交叉、均勻交叉的神經遺傳演算法相比,所測試的六個函數中有四個表現出更好的性能,而且總體來講,SIGH比現存的許多演算法在求解速度方面更有競爭力。
H.Bersini和G.Seront將遺傳演算法與單一方法(simplex method)結合起來,形成了一種叫單一操作的多親交叉運算元(simplex crossover),該運算元在根據兩個母體以及一個額外的個體產生新個體,事實上他的交叉結果與對三個個體用選舉交叉產生的結果一致。同時,文獻還將三者交叉運算元與點交叉、均勻交叉做了比較,結果表明,三者交叉運算元比其餘兩個有更好的性能。
國內也有不少的專家和學者對遺傳演算法的交叉運算元進行改進。2002年,戴曉明等應用多種群遺傳並行進化的思想,對不同種群基於不同的遺傳策略,如變異概率,不同的變異運算元等來搜索變數空間,並利用種群間遷移運算元來進行遺傳信息交流,以解決經典遺傳演算法的收斂到局部最優值問題
2004年,趙宏立等針對簡單遺傳演算法在較大規模組合優化問題上搜索效率不高的現象,提出了一種用基因塊編碼的並行遺傳演算法(Building-block Coded Parallel GA,BCPGA)。該方法以粗粒度並行遺傳演算法為基本框架,在染色體群體中識別出可能的基因塊,然後用基因塊作為新的基因單位對染色體重新編碼,產生長度較短的染色體,在用重新編碼的染色體群體作為下一輪以相同方式演化的初始群體。
2005年,江雷等針對並行遺傳演算法求解TSP問題,探討了使用彈性策略來維持群體的多樣性,使得演算法跨過局部收斂的障礙,向全局最優解方向進化。
[編輯本段]遺傳演算法的一般演算法
遺傳演算法是基於生物學的,理解或編程都不太難。下面是遺傳演算法的一般演算法:
創建一個隨機的初始狀態
初始種群是從解中隨機選擇出來的,將這些解比喻為染色體或基因,該種群被稱為第一代,這和符號人工智慧系統的情況不一樣,在那裡問題的初始狀態已經給定了。
評估適應度
對每一個解(染色體)指定一個適應度的值,根據問題求解的實際接近程度來指定(以便逼近求解問題的答案)。不要把這些「解」與問題的「答案」混為一談,可以把它理解成為要得到答案,系統可能需要利用的那些特性。
繁殖(包括子代突變)
帶有較高適應度值的那些染色體更可能產生後代(後代產生後也將發生突變)。後代是父母的產物,他們由來自父母的基因結合而成,這個過程被稱為「雜交」。
下一代
如果新的一代包含一個解,能產生一個充分接近或等於期望答案的輸出,那麼問題就已經解決了。如果情況並非如此,新的一代將重復他們父母所進行的繁衍過程,一代一代演化下去,直到達到期望的解為止。
並行計算
非常容易將遺傳演算法用到並行計算和群集環境中。一種方法是直接把每個節點當成一個並行的種群看待。然後有機體根據不同的繁殖方法從一個節點遷移到另一個節點。另一種方法是「農場主/勞工」體系結構,指定一個節點為「農場主」節點,負責選擇有機體和分派適應度的值,另外的節點作為「勞工」節點,負責重新組合、變異和適應度函數的評估。
術語說明
由於遺傳演算法是由進化論和遺傳學機理而產生的搜索演算法,所以在這個演算法中會用到很多生物遺傳學知識,下面是我們將會用來的一些術語說明:
一、染色體(Chronmosome)
染色體又可以叫做基因型個體(indivials),一定數量的個體組成了群體(population),群體中個體的數量叫做群體大小。
二、基因(Gene)
基因是串中的元素,基因用於表示個體的特徵。例如有一個串S=1011,則其中的1,0,1,1這4個元素分別稱為基因。它們的值稱為等位基因(Alletes)。
三、基因地點(Locus)
基因地點在演算法中表示一個基因在串中的位置稱為基因位置(Gene Position),有時也簡稱基因位。基因位置由串的左向右計算,例如在串 S=1101 中,0的基因位置是3。
四、基因特徵值(Gene Feature)
在用串表示整數時,基因的特徵值與二進制數的權一致;例如在串 S=1011 中,基因位置3中的1,它的基因特徵值為2;基因位置1中的1,它的基因特徵值為8。
五、適應度(Fitness)
各個個體對環境的適應程度叫做適應度(fitness)。為了體現染色體的適應能力,引入了對問題中的每一個染色體都能進行度量的函數,叫適應度函數. 這個函數是計算個體在群體中被使用的概率。
[編輯本段]遺傳演算法的運算過程
選擇(復制):
根據各個個體的適應度,按照一定的規則或方法,從第t代群體P(t)中選擇出一些優良的個體遺傳到下 一代群體P(t+1)中;
交叉:
將群體P(t)內的各個個體隨機搭配成對,對每一對個體,以某個概率(稱為交叉概率)交換它們之間的部分染色體;
變異:
對群體P(t)中的每一個個體,以某一概率(稱為變異概率)改變某一個或某一些基因座上的基因值為其他基因值。